清朝康熙年间，和尚们历经千辛万苦收复反叛势力“西鲁天会”，并保护着反叛领袖万寿山和冰玉公主，回京复命，却不料万寿山诏安为假，实际上是利用和尚们进入紫禁城，趁机杀掉康熙。私欲膨胀的太子和索额图，为了得到西鲁天会的宝藏，布下层层陷阱，一路截杀和尚，欲斩草除根。 处于各派势力之争中的和尚们危机四伏，险象环生，更不料引起无故祸端，导致少林寺毁于一场大火。面对遥远的归京之路，为了寻找渺茫的生存希望，和尚们被迫与命运抗争，一场血雨腥风的生死大战即将展开……

靖难之役之后，燕王朱棣篡权夺位成功，建文帝生死未卜，而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出，并几经辗转朱文奎被文昌寺收留。十年之后，朱文奎在文昌早寺已长成英俊少年，并练成了一身硬功夫，从小聪慧的他更熟读经卷，通晓佛法，深得曾任少林寺住持的大师器重。杨重一直在计划为建文夺回帝位，假意归顺燕王，暗中招兵买马，召集建文帝旧部起事。然后打算把朱文奎从文昌寺带回京城，却被燕王获悉，并下令东石剿杀他们。一路上杨武等人受到一批又一批的东石高手追杀，最后不得不把小皇子送上大佛填充暂避追杀。东厂倾巢而出把大佛寺重重包围，杨武和大

影片描述美籍华人张正奉中央情报局之命，前往中国大陆协助护送一件国宝赴美。他在武林圣地少林寺等候消息期间，跟少林寺方丈空智大师和七岁小和尚清淳产生了友谊，但也有文化差距与生活习惯的冲突。更令张正感到意外的，原来所谓的宝物是身怀特异功能的少女小菁，两人在揭破惊天阴谋的过程中产生了一段浪漫情缘。

李世民因屡立战功，被父王册封，统管兵权，遭到了太子妒忌，太子设计使李世民被郑国大将王仁则追杀，幸被村里行侠仗义的张宝拳和他的儿子小宝搭救，将他藏匿于山中。

隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”。王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕后垂涎其美色，强行将其抢回府并欲酒后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。

明朝中叶，皇帝年幼继位，太监王其自封“立皇帝”权倾朝野，与倭寇勾结，妄图篡位，大明江山岌岌可危。忠良之后徐子豪是京都总兵徐超之子，也是皇帝的伴读。徐子豪贪玩，无意间撞到太监王其送“秘密计划”给倭寇的武林高手。徐子豪把这件事告诉了父亲徐超。朝堂之上，徐超向皇帝弹劾王其，反被王其陷害，徐家满门抄斩。徐子豪进入少林寺避难。

以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先在此歇脚。浑然不知倭寇派出主力部队攻打飞鱼隘口，土城中仅存的百姓都是老弱妇孺，棍僧们决定留在土城帮助村民抵抗倭寇。生死存亡之际，十八棍僧共同抵挡了倭寇的进攻。但因师弟的冲动，几位师兄弟被倭寇杀害。倭寇首领得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部队进行偷袭，以便发动最后的决战，誓要攻下飞鱼隘口，杀掉和尚为弟弟报仇。

西门得宝是一个胸无大志的客栈老板。为了招揽生意，他吩咐小弟屠昊等人假扮劫匪打劫路人，关键时刻自己假扮“宝将军”出手相助，然后引导客人进店消费。好景不长，得宝的骗局被一个神秘僧人戳穿，一帮人过去挑衅被打的落花流水。祸不单行，灵州刺史何骁为了夺取藏在客栈里的藏宝图，杀害钦差大臣，并嫁祸于得宝。一夜之间，得宝成了朝廷通缉的要犯，在逃命过程中儿子有肉跌落山崖，危难之际被僧人搭救。为了洗清罪名，找到陷害自己的真凶，得宝跟随和尚修炼武功，踏上了一条复仇之路。得宝家族与少林寺的渊源、小弟屠昊的背叛阴谋也随之被一一揭开…

20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。时群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在,副官曹蛮伺机上位、妻子颜夕离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道、净能、净海、净空等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来……少林寺住持释永信担任该片监制。

南北朝时期，连年战乱。一悟道高人，姓姬，名神光，看破红尘，欲皈依佛门，来到少林，要求达摩方丈为之剃度出家。姬神光在雪中侍立三天三夜，达摩方丈不愿收留，说，要我收你为徒，除非天降红雪。姬神光出家决心已定，乃自断左臂，天遂降红雪。达摩为他的诚心所感，遂收为弟子，赐法名慧可。