继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物

泰国北部隔着湄公河与老挝相邻的汶干府，一个风暴之夜，不明生物袭击了岛民，其咬痕似犬科动物，而毒性却堪比眼镜王蛇，被其袭击12小时内毒发，当地医院仅有的抗生素不起效果，一时间伤亡惨重，岛上人心惶惶。当地警局派出所有的警力力图捕捉这个不明生物。就在他们一点一点接近怪兽时，身高近7米的巨型怪兽出现了，所到之处一片狼藉。大陆上的救援，由于雨季暴雨，无法及时赶到。人们不得不团结起来， 利用有限的资源击退怪兽。

沉睡的古代巨型怪兽夔牛被人们意外唤醒，醒来后的怪兽展现出强大的破坏能力，它的存在严重威胁到了人们的安全。虽然上级太守组织人马前去应对，但是人们面对巨兽显出种种疑问，巨兽为何而来。阿宁的调查也使得秘密浮出面，原来这一切都是人们自己酿造的恶果。

东南亚某无人荒岛，一支由志愿者和机器人组成的救援队进行演练时，遭遇脾性古怪的奇兽追击，不断有巨兽冲击营地。逃亡过程中，救援队意外发现了“野人”袁元忠，这才得知岛上的变异怪相源于一年前基地的核废料泄露事故。为避免更大的危机，众人决定处理遗留的放射物质。危险的基地再次被打开，狰狞巨鳄倾巢而出，疯狂撕咬志愿者，獠牙阴森的兽人和变异巨兽将他们层层围堵。救援队联手机甲与群兽拼死打斗，争斗间丛林深处又传来阵阵嘶吼声，更多巨兽蜂拥而至……

在未来，温室效应加剧，环境恶化，人们被迫迁居地下城。地下城能源面临枯竭，科学家们苦心研制气温平衡剂，希望能带领大家重返地表生活。然而在气体排放实验的那天，毒气泄漏，地底摩多蜥变异化身巨兽肆虐，灾难降临。。。。人们不得不乘坐唯一一辆通向地表的列车，踏上绝境逃生之旅。

故事发生在公海之上，在传说中，公海的海底生活着一种史前巨兽，守护着价值连城的巨额宝藏。不胫而走的消息很快引起了世界各国的注意，美国、日本等国亦纷纷派出特工明察暗访，想要抢先一步得到宝藏。 　　查尔斯（彼得·斯特曼 Peter Stormare 饰）是一名美国高级间谍，野心勃勃的他是一个为了达到目的不择手段的人，眼看着别国的特工离宝藏越来越近，查尔斯决定非法雇佣犯罪集团为他工作。就在宝藏的争夺战逐渐白热化之际，一直发射着信号的深海巨兽竟然一夜之间失去了踪迹。海警林海（张旭 饰）察觉了海面上正在进行的不法行动

影片剧情讲述灵长类动物学家戴维斯·欧科依（强森饰）不善与人交往，却唯独与一只智商超群的银背大猩猩乔治形影不离，从出生起一直将它抚养到大。但因为一项危险的基因实验出错，令乔治从温和的猩猩陡然变成了庞大的狂暴生物。更糟的是这种情况也发生在一些其他动物的身上。眼看这些凶狠可怕的顶级狩猎者把美国闹得翻天覆地，见一物毁一物，欧科依的团队决定和一个名誉扫地的基因工程师合作，在瞬息万变中寻找出路，不仅为了阻止一场全球浩劫，也为了拯救自己曾经的挚友。

战后荒岛物种变异巨兽横行，地理杂志生物专栏的年轻编辑们登上这座荒岛进行考察，被巨型食人蚁、毒蝎等体型异常的物种疯狂围猎，幸好得到一群雇佣兵的救助。结伴同行的两队人马越深入荒岛中心越觉得毛骨悚然，惊扰了岛上的众多巨兽，还被卷入变异巨蟒和巨型大猩猩的怪兽争霸中……

当地百姓苏晋丰从村子里承包了一个海中荒岛，在岛上种植椰树、采摘椰果已有数年之久。这一日，苏晋丰在椰林劳作时突然遭遇了一只恐龙，惊吓之余逃命而去。事后，苏晋丰对遭遇恐龙一事不得其解、耿耿于怀，随即将此信息告知了一家媒体，希望能够引起关注，破解恐龙之谜。媒体编辑林佩伦得知此消息后大喜过望，作为媒体人她深知，如果情况属实，恐龙这种史前文明对于当代而言将会是一个前所未有的重大发现，她个人甚至可能会因率先报道此事而获得新闻界的最高奖项普利策奖。林佩伦将此事上报后得到采访调查的授权，一同前往的，还有上级部门协调派遣的

陆小道为救混元大师在魔蛛林将千年彩蛛精打死，彩蛛精在临死前将全身毒液侵住在腹中的混元大师体内，将混元大师化为彩蛛人形，直至七七四十九日后妖化重生。为解混元大师之毒，在鹿童仙子的指引下陆小道带着混元大师前往九仙山灵宵谷，寻找月牙池的路上与一众妖怪展开了一系列啼笑皆非的故事。