太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。

日本，幕府时代，流浪中的瞽女市在大雪中被人收留，收留她的男子心怀不轨，不想市一剑就将其刺伤。原来市深怀绝世剑法，流浪四方，目的是寻找一名男性盲人剑客。