《叉手》内容描述一个杀手组织的故事。「叉手」是江湖上闻名的杀手组织，专杀江湖英雄，在行事时带上了面具，造成江湖的浩劫。这个组织的人被灌输错误的讯息，使用狠毒的武器，导致江湖上许多的恐怖凶杀事件。齐山云、曾军和梁勇等人到达景阳镇，追查叉手的总坛位置，计划一举歼灭这个组织，为江湖的受害人报仇雪恨。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。