2005年，霸天虎占领了塞博特恩，汽车人在塞博特恩卫星建立秘密基地准备反击。霸天虎突袭地球上的汽车人城，大批汽车人战士阵亡，擎天柱从卫星赶回与威震天决斗，两败俱伤。后擎天柱伤重不治，将充满力量的领导模块传与通天晓，通天晓接任汽车人新领袖。威震天在撤退途中被红蜘蛛遗弃，在宇宙中遭遇宇宙大帝，被改造成为惊破天。惊破天消灭了夺权的红蜘蛛，追击汽车人，并打散了通天晓，夺取了能源宝，以此威慑宇宙大帝臣服。宇宙大帝开始进攻塞伯坦，霸天虎被迫迎战，汽车人团结各方力量，前往塞伯坦参与反击宇宙大帝的战争。汽车人热破与惊破天

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汽车人和霸天虎连年不断的战争，给地球带来了莫大的伤害。为此，地球各国联合成立反应部队，针对变形金刚无论正邪一律绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德•伊格尔不顾身边人的反对和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，期间他无意得到一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的创造者昆塔沙捕获并黑化，命令他返回地球寻找至高无上的权杖，毁灭地球，复兴赛博坦。与此同时，威震天和地球政府达成协议，彼此联合追寻凯德及其盟友的踪迹，其目标同样是曾属于魔法师梅林的权杖。　　地球真正的危机

当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱