神谕局男女特工穿越时空，对抗时空扰乱组织的阴谋，其间与明朝东林书院兄弟发生了一系列爱恨纠缠：女主因与古人坠入爱河自行切断与组织联系，试图逆转该人悲惨的历史命运，却身陷迷局；男主生性冷酷，任务为首，却在执行任务过程中被兄弟感化，最后融入其中，迎接他所替代的角色的历史命运。影片以神谕局修正历史为终结，却给了历史中注定命运悲惨的角色们一个热血的开放式结局。

小玩子潜入香港会展中心企图偷窃一件名为“游梦仙枕”的文物，被香港女警张楚楚撞破，二人打斗过程中正值百年才有一次的天文奇观——十三颗行星在子时排成一条直线，就在那一刹那二人凭空消失了。等再次醒来，小玩子已经到了几百年前明朝的皇宫，另一边张楚楚也穿越到了明朝却是落入民间。无端闯入明朝皇宫的两个现代女人分别邂逅了两个皇家子弟朱允炆和朱棣。皇宫中的权力斗争暗流汹涌，朱允炆虽是朱元璋最喜爱的孙子，野心勃勃的朱棣却也一直觊觎着皇位。小玩子和张楚楚对这段历史很是熟悉，她们能对历史产生什么样的影响吗？她们的爱情又会怎样的

明朝中叶，皇帝年幼继位，太监王其自封“立皇帝”权倾朝野，与倭寇勾结，妄图篡位，大明江山岌岌可危。忠良之后徐子豪是京都总兵徐超之子，也是皇帝的伴读。徐子豪贪玩，无意间撞到太监王其送“秘密计划”给倭寇的武林高手。徐子豪把这件事告诉了父亲徐超。朝堂之上，徐超向皇帝弹劾王其，反被王其陷害，徐家满门抄斩。徐子豪进入少林寺避难。

明朝大将军贺英利用时空金球终于重返明朝，与锦衣卫兄弟萨獒获悉了倭寇和朝廷奸党之间足以倾覆皇权的密谋，绵延400年的惊天危机一触即发。贺英也在红颜知己小美的帮助下开始了抗倭锄奸和保护族人的战斗。

1375年，中国正是元明更替之际，高丽国亦经历了内乱，明朝使臣被高丽所杀。这一年，高丽使团在龙虎将军崔祯（朱镇模 饰）和州镇兵系统的长官大政（安圣基 饰）率领下出使明朝，却被边境官员以为明朝使臣报仇为由羁押，发配大漠。使团一行人在大漠遭遇蒙古一部袭击，意外的获得了自由，在返回高丽的途中，使团偶遇被蒙古拉哈木将军（于荣光 饰）一部捉获的明朝公主芙蓉（章子怡 饰），崔祯决定救出芙蓉公主，以便南下南京觐见朝廷，完成使团的任务。使团中获得自由身的奴隶英率（郑宇成 饰）和龙虎军、州镇兵等人大开杀戒，将公主救出。拉哈

明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，

明朝大将军贺英利用时空金球终于重返明朝，与锦衣卫兄弟萨獒获悉了倭寇和朝廷奸党之间足以倾覆皇权的密谋，绵延400年的惊天危机一触即发。贺英也在红颜知己小美的帮助下开始了抗倭锄奸和保护族人的战斗。

1375年，中国正是元明更替之际，高丽国亦经历了内乱，明朝使臣被高丽所杀。这一年，高丽使团在龙虎将军崔祯（朱镇模 饰）和州镇兵系统的长官大政（安圣基 饰）率领下出使明朝，却被边境官员以为明朝使臣报仇为由羁押，发配大漠。使团一行人在大漠遭遇蒙古一部袭击，意外的获得了自由，在返回高丽的途中，使团偶遇被蒙古拉哈木将军（于荣光 饰）一部捉获的明朝公主芙蓉（章子怡 饰），崔祯决定救出芙蓉公主，以便南下南京觐见朝廷，完成使团的任务。使团中获得自由身的奴隶英率（郑宇成 饰）和龙虎军、州镇兵等人大开杀戒，将公主救出。拉哈

明朝末年，皇帝昏庸，阉党专权。大太监魏忠贤把持朝政结党营私，培养了三位武艺高强的女刺客冷、凌、影为其效命。锦衣卫指挥使欧阳寒为克制实力强大的东厂，亲自出手获得了扳倒魏忠贤的密函。三位女刺客奉命前去刺杀欧阳寒并夺回密函，岂料任务遭逢意外，刺客凌伪装成柔弱女子混入欧阳寒藏身的状元客栈，却遇到了曾经青梅竹马的恋人李不笑，而此时，真正的阴谋才刚刚开始......

本剧以明朝晚期的“妖书案”、“诅咒案”、“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”等几大疑案为线索，以立储、皇权交替为关键点，讲述了明朝万历、泰昌、天启年间二十年中围绕宫廷的权力斗争，表现出君臣、父子、夫妻、同僚在权力面前交错的党争关系及体现出来的复杂情感，描绘出明朝危在旦夕的夕阳晚景。