恐怖组织“瓦干布”渗透香港，在香港掀起一场化武争夺战，飞虎队总指挥范少锋（陈豪 饰）临危受命，率飞虎队与恐怖分子斗智斗勇。飞虎队身陷瓦干布的无情杀局，特勤队警司展博文（马德钟 饰）召集警界精英张伟桦（张兆辉 饰）、张嘉轩（黄宗泽 饰）和高子乐（吴卓羲 饰）成立秘密反恐小组S Team。面对重重危机，在国际刑警许俊飞（苗侨伟 饰）的协助下，中青两代最终放下恩怨情仇，联手阻止化武病毒在香港蔓延。

阿富汗2014年，在部队即将撤退之际，上尉安塔雷斯·波纳西约和他的部队在巴基斯坦边界瓦干的一个偏远山谷被指派了控制和监视任务。尽管有决心，但安塔雷斯和他的手下的人逐渐失去了对所谓平静地区的控制。然后在9月的一个晚上，山谷中的士兵神秘地消失了。