继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

十年前，麦克和他的搭档黑猩猩明奇侦探界的明星搭档，他们屡破奇案。但一次任务的失利却使得麦克心灰意冷，于是他退出了侦探界，专心照顾他的女儿阿梅利亚；而明奇也加入了马戏团开始了它的新生活。转眼间，阿梅利亚12岁了，凭借聪明的头脑她改进的钻孔机获得了国家科学奖，更获得了法尔里博士邀请前往日本参加研讨会。然而法尔里博士其实另有阴谋，麦克和明奇这对老搭档必须再战江湖，救出身陷囫囵的阿梅利亚！

电影讲述了男主上古神兽白飞廉为渡过千年天劫，被迫抢走众多少女，寻找真爱的故事。鹿兽鸟身的巨大妖兽新婚夜抢夺新娘，少女误闯妖岛禁地，诡秘地宫中夜夜啼哭的守尸红衣女子竟是男主母亲，她为了儿子渡过天劫千年哭泣不闭眼，熬成赤血双目。黑白飞廉兄弟反目成仇，为了自己能够渡过天劫羽化成神，两只神兽空中大战撼天动地，暗地还有蝙蝠群妖围攻袭击。生死之际，亲情、爱情、友情能否帮助其渡过天劫，一段天真少年的奇幻成长史就此展开。

1845年，尚年幼的维克多与詹姆斯兄弟俩在长辈之间一场突如其来争执中唤醒了自身的潜能，詹姆斯情急之下将陌生的生父杀死，自此兄弟两人流落战场，他们凭借不死不衰之身和野兽一般的天赋在各个时代的战争中大开杀戒，直到遇见史崔克少校并加入了他的异能人特殊部队。詹姆斯（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）很快厌倦了对弱势者的杀戮，离开了团队和维克多（列维·施瑞博尔 Liev Schreiber 饰），与女友凯拉隐居在山林中，做了一名伐木工人。六年后，詹姆斯惊闻昔日的超能力队友纷纷被杀害，而杀手正是哥哥维克多，不

位于加拿大的深山老林，背负着永生之苦的“金刚狼”罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）隐居于此。在一次与猎人的冲突中，他得到东瀛女子雪生（福岛莉拉 饰）的帮助。雪生是罗根二战期间的旧相识矢志田派来的下属，似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。跨越重洋的罗根终于见到在虚弱的矢志田，对方希望他能够保护自己的孙女真理子（冈本多绪 饰）。随着老人谢世，葬礼上突然战火点燃。罗根在雪生的帮助下拼死救出真理子，而矢志田的儿子信玄（真田广之 饰）似乎另有所图。逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金

金刚王（释延能 饰）和哥哥在年幼时被海盗从中国福建贩卖到位于日本的哈迪斯神社，接受残忍的搏杀训练。八年后，已经成为哈迪斯最顶级杀手的金刚王逃回中国，幸遇南少林宗师而成为一个爱国主义者，从事反抗日本侵略活动，几年后被南少林封为金刚王。在日本军方授意下，哈迪斯组织在福建南少林脚下的一座巨大的客家土楼内建立了中国哈迪斯金刚神社。他们设立暴坛、伤坛、绝坛三个搏击擂台，借此击杀和征服中国的武林高手以及中国远东军特战部队的各国战俘，并将战果通过世界媒体公诸于众，以此摧毁中国人民的抵抗意志。为救助陷入土楼的世界各界人士

纽西兰老科学家发明一个名为“天狼星”的三棱镜，它可将人的潜能激发，形成难以置信的超能力。但这项发明很快被当地一黑社会组织盯上，他们袭击实验室，杀害老科学家。危急时刻，天狼星被参加实验的青年金刚（许冠杰 饰）和科学家的女儿莎莉（叶倩文 饰）带出纽西兰，来到香港。返港后，金刚寻求侦探光头佬（麦嘉 饰）的帮助，谁知黑帮尾随而至，虏走光头佬的妻子贺警司（张艾嘉 饰）作人质。为救爱妻，光头佬带着儿子，协同金刚赶至纽西兰……

地球陷入毁灭危机，擎天柱失踪，越来越多的汽车人和霸天虎来到地球，前海豹突击队成员威廉·伦诺克斯成为了政府军组建的TRF中的一员，负责绞杀地球上的汽车人——不论好坏。在芝加哥街头，伦诺克斯遇到了凯德·伊格尔、孤儿伊莎贝拉。 凯德因为帮助支持汽车人而成为政府通缉犯，所以他在一个垃圾场看管着一群幸存的汽车人。与此同时，失踪的擎天柱被女巫昆塔莎黑化，要毁灭地球。拯救世界的责任于是落在了这支由凯德为首的非同寻常的队伍身上，大黄蜂、英国爵士还有牛津大学教授，一场史诗浩劫彻底将地球变成了战场 。

当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在德州的落魄机械发明家凯德买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱胎自威