森和May各自带领的机动小组成员间争强好胜，May的小组得到何长官赏识，娇纵傲慢，森一队心有不服，却无可奈何。机动小组即将解散，但在执勤的最后一天发生一起抢劫案，劫匪逃入荒山。两支小组并为一队上山展开地毯式搜查。期间各种离奇状况不断，加上彼此矛盾重重，致使森和May分头行动，却遭遇诸多险阻。另一方面，为队员送饭的肥棠汽车抛锚，结果遭遇劫匪。官兵与强盗在山中展开了一场怪异惊险的捉迷藏游戏，而PTU同事间的友情也受到了考验…

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并

公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”（并非“信息化的存在”）。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成

这个世界上曾经有着一个被称为“光之巨人”的存在。不久，“光之巨人”完成了他的使命，返回了遥远宇宙的故乡，跟他同化的地球人也失去了过往的记忆，回到了自己原本的地方。奥特曼的存在已成为过去之物，科学特搜队日本支部也结束了它的功能，被改建成光之巨人纪念馆。早田进次郎是一名已经过了多愁善感的青春期的高中生。然而，他意识到自己拥有惊人的弹跳力和健壮的肉体等正常人类所不具有的力量。某天，进次郎知道了父亲早田进曾经是奥特曼。而且，在没有奥特曼守护的地球上，暗中策划各种阴谋活动的外星人依然存在着。作为隐秘组织而健在的科学

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

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世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多真相，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球的公民权。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特六兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了

自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年，因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民前往宇宙的同时，也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想，成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和

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