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在动画版故事结束的2年后，作为保护地球对抗外星威胁者的GGG对犯罪组织バイオネット进行追查，但追查的同时GGG卷入了Q零件（Qパーツ）的秘密，此时为了重建三重连太阳系而生的索路11游星主抢走Q零件并成为GGG新的敌人，为了阻止游星主的意图，GGG前往理应已毁灭的三重连太阳系，并在当地进行最后的决战……

公元2005年，机界生命体Zonder/佐达开始侵略地球。早就预测到这个事态的日本政府设立的秘密防卫组织GGG（Gutsy Geoid Guard）就此进行对抗。在这个战斗的中心，有过去因为跟佐达的接触负伤而成为拥有G晶石力量的改造人狮子王·凯，以及在婴儿时期从被佐达摧毁的三重连太阳系的绿之星上逃亡到地球的盖因之子-少年天海护。以阿凯、小护，以及钢铁巨神我王凯牙和最强机器人军团为中心，GGG战胜了佐达。但是，比佐达更高级存在的机界31号原种袭来，GGG遭受灭顶之灾。在那时出现的是和护一样来自三重连太阳系的

在遥远的时空彼方，宇宙中存在着一群自称为“黄金一族”的强大生物。拥有预知未来、创造星群能力的他们，向其他尚未成熟的种族发出了呼唤：启程吧！从自己的母星到宇宙去。有三个种族回应了他们的呼唤，黄金族将他们分别称为：白银族、青铜族与英雄族。各种族为了回应黄金族的号召，开始向宇宙跨进。经历了漫长的时光后，黄金族决定离开这个宇宙，到另一个空间去。这时，新的回应者出现了：靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。黄金族将他们称为“黑铁族”。时光流逝，人类受到了比自己更强大的白银族的威胁，面临着关乎存亡的危机。王女De