魔爪伸向了M78星云·光之国！受到了不知是谁的攻击，被铭刻在脉搏上的“新生代奥特曼”的记忆丢失了。接受了“对奥特曼羁绊的挑战”的光之国，又一讯息到来了。那是新的光之道具“次元格斗仪”，上面托付了未来人的信息。为了找回丢失的“星之列传”，新生代奥特曼们携手崛起！！
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
2014年，讨厌机械的高中生·夏目亮为了改变自己而迈出了那一步。然而，他却死于卡车之下——。然后2030年的东京港湾，潜入了未知兵器“EX-ARM”的交易现场的警察·上园美波与人造人·阿尔玛这一搭档遭到了装备着“EX-ARM”No.08的敌人的袭击。她们为了打破这一绝境，强制启动了从敌人手中夺走的“EX-ARM”No.00……
青野月音（岸尾大辅 配音）是一个平凡的高中男生，在升学考试之中，月音发挥失常，导致了无学可上的尴尬局面，就在此时，一间名为阳海学园的学校向月音抛出了橄榄枝，这是月音继续接受教育唯一的希望了，月音当然毫不犹豫的接受了。 然而，阳海学园可不是什么普通的学校，这是一所专门供给各种各样的妖怪们学习的学校，照理来说，人类是不可以进入校园的，一旦被发现真实身份，便会被妖怪们杀死。一次偶然中，月音邂逅了名为萌香（水树奈奈 配音）的吸血鬼少女，萌香意外的发现月音的血有着至高无上的美味，于是决定帮助月音隐瞒身份，在这所学校里生存下去。
某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
私立樱才学园，原本是传统的女子高中，但因少子化问题影响，不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利，偶然之下被拉入了学校的学生会。在外人看来，学生会是美女如云的天堂，但是津田身边的三位学生会女干部性格都非常独特，津田开始了他每天学生会的吐槽生活。
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正值百年战争末期，基利可·丘比在纵横交织的枪弹下生存。 另一方面，Pailsen被RED SHOULDER的丑闻事件包围而垮台。军队的首领决定将他处决，蛤去被情报省的次官沃茨卡姆从法庭救了出来。 对Pailsen留下的秘密文件志在必得的沃卡姆，目的在于对“异能生存体”的有用性进行实验，从而在战后得到地位。 于是在沃卡姆监视下的基利可，和被秘密文件挑选出的四人：巴可夫、哥登、扎奇、可恰克一起，不停地转战在过于残酷的战场上。“如果不是异能力，就没有生存的机会。”……
这是一个充满了混乱的世界，普通的警察已经无法应对发生在此的骚乱和危机，因此，一种名为“武侦”的职业应远而生，从业人员可以在法律所界定的范围内通过任何手段包括武力来解决麻烦。武侦高中便是专门为培养此类人才而设立的专科学校。 远山金次（间岛淳司 配音）是武侦高中里的一名平凡男生，他就读于侦查科，成绩属于最低等的“E”级。然而，金次有着不为人知的特殊能力，那就是在亢奋状态下，他的所有能力都会以30倍的数值快速增加，这种能力曾经为金次惹过不少的麻烦，因此他宁愿将其隐藏起来，做一个不起眼的普通人。一场突如其来的爆炸让金次结识了名为亚里亚（钉宫理惠 配音）的超强少女，金次的命运因为这次相遇而发生了翻天覆地的变化。
