数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
2014年，讨厌机械的高中生·夏目亮为了改变自己而迈出了那一步。然而，他却死于卡车之下——。然后2030年的东京港湾，潜入了未知兵器“EX-ARM”的交易现场的警察·上园美波与人造人·阿尔玛这一搭档遭到了装备着“EX-ARM”No.08的敌人的袭击。她们为了打破这一绝境，强制启动了从敌人手中夺走的“EX-ARM”No.00……
能够给全世界与涅洛伊战斗的人们以及背井离乡的人们带来片刻安宁与治愈的独特航空团——那就是她们“联盟空军航空魔法音乐队光辉魔女”。 与在战斗中守护大家的统合战斗航空团魔女们完全相反的航空团，身为“不战斗的魔女”的她们，通过“歌与音乐”来守护大家的笑容！
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私立樱才学园，原本是传统的女子高中，但因少子化问题影响，不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利，偶然之下被拉入了学校的学生会。在外人看来，学生会是美女如云的天堂，但是津田身边的三位学生会女干部性格都非常独特，津田开始了他每天学生会的吐槽生活。
KERORO军曹寄住在日向家，竟因沉迷高达模型而惨变家务工人，更意外释放了一个来自“K隆星”远古时代的神秘武器KIRURU，令到全球大乱，面临毁灭危机！这时候，唯一知道如何拯救地球的谜样外星人突然现身，联同KERORO部队调转枪头、发动一场笑震宇宙的太空战争！
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来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子（Tarako 配音）的家乡清水市。来自意大利的安德烈（中川大志 Taishi Nakagawa 配音）暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课，还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始，小丸子因安德烈太过热情而感到困扰，但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会，并许下了“希望能再次见面”的愿望。然而，这些快乐的日子即将过去，他们将要迎来离别之时。
卡塔莉娜（内田真礼 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，15岁那一年，因为撞到了脑袋而意外的获得了转生之前的记忆，卡塔莉娜震惊的发现，此时的她正处于前世的她特别喜欢的一款乙女游戏《FORTUNE LOVER》的世界之中，而她在这个世界里扮演的角色，竟然是游戏里专门设置用来妨碍游戏主人公恋情的邪恶反派，而她最好的结局是被流放，最坏的结局是死亡！ 金发碧眼黑心的抖S王子吉奥尔多（苍井翔太 配音）、拥有美艳的外表和扭曲的内心的吉斯（柿原彻也 配音）、拥有杰出音乐天赋的亚兰（铃木达央 配音）、魔性美少年尼克尔（松冈祯丞 配音），卡塔莉娜究竟要如何同他们相处才能够避免惨死的命运呢？
原作小说第11卷同捆限定版，收录日常生活的番外篇。
ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前Ｂ・Ｄと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。 いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。 そんな時、突然ラジオからイヴのＳＯＳメッセージが流れてくる。 イヴ…７Ｇのオペレーター…そしてガーランド。 「よし、リベンジかましてやるぜ！」 省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。 いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。
