新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
故事发生在风景如画宁静祥和的镰仓，橘一夏（本多阳子 配音）是出生和生活在这里的平凡中学二年级女孩。性格温文尔雅跟所有人都能成为朋友的篁萤子（落合祐里香 配音）、性格活泼开朗元气满满运动神经十分发达的多岐川皋月（川上伦子 配音）和身世非常神秘常常展现出超越了年龄的成熟与知性的宗方未知留（田村由香里 配音），这三名性格迥异的女孩是橘一夏的好友，四人之间感情十分要好。 在学期的最后一天，一夏离开学校之后发现自己十分珍爱的护身符丢在了教室，于是返回了学校，在那里，一夏邂逅了名为黑城舞夏（浅野真澄 配音）的少女。命运的齿轮开始了转动。
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宇宙历788年，二十一岁的杨威利越级升为少校。受到卡介伦的委托，杨开始调查第二次提亚马特会战中使银河帝国完全败北的同盟军总指挥官“七三零年党”领袖布鲁斯·阿修比上将的死因，是否如投书所指有谋杀的嫌疑。 描绘了七三零年党的事迹，以及杨同后来的部下派特里契夫、姆莱等人结识的经过。还叙述了杨的童年。
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母…… 本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
原作小说第11卷同捆限定版，收录日常生活的番外篇。
紅葉みさき等四名少女是特殊部隊“セラフィム”的候补生，为了成为正式成员而在ウォッチャーズ ネスト闻鸡起舞。但是她们并不知道，真正的敌人异型生命体“グール”有多么可怕……
哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。 等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。在这所名为“天神小学”的古老学校里，究竟是谁操控着这一切……
あたる達は面堂家に伝わる「鬼姫伝説」をヒントに映画を作っていた。あたるが面堂家の庭に立つ樹齢300年の老木「太郎桜」を老朽化と撮影のために切り倒したことにより、友引町には天変地異が降り注ぐ。太郎桜のあった場所は盛り上がり、山となって頂上に水が入り込み、湖と化した。ラムは体調を崩し超能力を徐々に失い、面堂やしのぶ、メガネ達はラムの存在を忘れかけてしまう。そして、ラムの写っていたはずの写真からまでも、ラムが消えていた。 面堂が原因を探るため、祖父から『鬼姫伝説』の詳細を改めて聞き出し、あたるやメガネと共に太郎桜のあった山へと向かう。頂上の湖の底深くには、白骨化した鬼姫の遺体が沈んでいた。ある日遂にラムは角（超能力）を失い、やがて謎の道化師について行って失踪してしまう。ラムがたどり着いた先は、太郎桜のあったあの山であった。 夢と現実が入り混じった友引町に翻弄される面堂達は、この世界を破壊することで元の世界に帰れると思い立ち、水乃小路家を巻き込んで無為な内戦を始める。それを尻目に、あたるはただひたすら町中を走り始めた。 ラムは太郎桜の木の上に佇む「町（友引町）の記憶」と主張する、巨大な胎児のような者に連れて来られていた。その者は、ラムに「思い出だけでも生きて行ける」と告げた。 内戦は終わり、夜は明けた。走り続けたあたるは遂に倒れる。「元の世界へ帰りたい」と疲れ果てた面堂やしのぶ達が願った、翌日の朝凍り付いた夢は崩れて行った。同時に一同の目の前には、帰還したラムの姿があった。
