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主角仓下月海是一名梦想着成为插画家，并且非常喜欢水母的女孩。她为了梦想而来到东京，后入住了女生公寓“天水馆”，这里的住客大多是宅女，对她们来讲拥有时尚感的人就全是她们的敌人。一天，为了营救水母，月海遇到了一名超美的伪娘。于是发生在宅女、伪娘之间的故事就此展开。备注：本作品中的“腐女子”并不是本来的意义的“腐女子”，而是指近几年开始出现的，不太在意如流行事物、恋爱等普通女性所关心的话题，只热衷于某种特殊事物爱好的女性，所以更倾向于“宅女”。

CLAMP学园是由妹之山财团所投资设立如城市般的学园。妹之山财团理事长最年幼的儿子妹之山残为小学部学生会会长，他为了守护全世界的女性以及帮助同学解决他们的烦恼，而带领着小学部学生会内优秀的少年干部：鹰川苏芳和伊集院，成立了“CLAMP学园侦探团”