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15年后，脱衣舞女的儿子已经长大，母亲也不再是脱衣舞女，在医院工作。女总统掌管大权，但外星人重返地球，同样的局面再次面对。

约翰·哈蒙德博士在进行恐龙研究过程中发现一只吸了恐龙血，藏在树脂化石中的蚊子。他从恐龙血中提取出DNA，复制出恐龙，并建成一个恐龙“侏罗纪公园”。没想到的是，公园发生意外事故后又遭人破坏，造成灾难性局面。科学家艾伦和埃莉及来到公园的其他幸存者终于逃出险恶的侏罗纪公园。

当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士，邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。

经历过外星人大举入侵地球后，人类知道，这些入侵者有一天一定会再回来。人类运用先前外星人所遗留下来的科技文明，发展出一套强大的地球防御系统以抵御外星人的再度入侵。然而，20年后，这些外星人却带着人类前所未见、更先进强大的武力再次入侵地球，带来更大的全球灾难，几位勇敢的年轻人，他们挺身而出，将再一次为人类生存而战斗……