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《蜀山降魔传2》讲述了叛离峨眉的云居雁夜袭峨眉大开杀戒，并抢夺了上古灵BILFUN。昆仑得知峨眉惨况后，昆仑长老断言云居雁想集齐四颗灵石一统三界。掌门萧何只有找到昆仑师叔祖逍遥子，并先于云居雁得到魔龙

明武宗三十七年，云来镇药师林东笙，心怀济世之梦。作为种药小子，以血肉之躯浇灌曼陀罗花，使之幻化人形。以钩藤为首的四味药草，必须寻找真心驭药人，心甘情愿用血肉灌溉其药身，才能真正修炼成仙。在寻找过程中，认识林东笙。在曼罗逐渐发现林东笙即前世种药小子，想要报恩时，却被林家世代结仇的刘虎设计诡计，陷害林东笙在镇上蓄意下毒，曼罗为保护林东笙不惜与钩藤、水苏等决裂，在拯救苍生与维护自我之间，他们面临选择……

　　烽烟四起，烟沙弥漫，仙魔两族相对而立，杀意冲天。 两族对战，死伤无数，圣母梵天以己身为祭，封印魔族，终止了一切。仙族虽胜却几近覆灭，昆仑掌门玉清子也为救小弟子而死，惨胜之后，三界恢复平静，两门以休

正德年间，刘瑾独揽朝纲，京城内外数富户家中被盗，凡被盗日，定有一人携金银救济贫苦，百姓尊为“盗圣”。皇帝听此事大发雷霆，命六扇门总捕头雷豹捉拿。雷豹之女雷婷痴迷武功，想闯荡江湖，但父亲反对，她便一气之下离家出走。路上偶遇司空摘月，但雷婷却不知此人为盗圣，二人携手开始闯荡江湖。直到一天，官府库银被盗，县令下令向村民抽税补上，本不富裕的村民一筹莫展。司空摘月想起在凤来楼偷听的谈话得知黑风山劫走官银，于是去闯黑风山却寡不敌众身受重伤。雷婷小师弟发信号弹搬救兵，一场大战即将展开。