该动画承接《神探四豆星Ⅱ》的故事，继续讲述四位小侦探们解决星球上发生的离奇案件的故事。

上世纪初，在一个偏远的江南小镇，因为足够平和安逸，没有任何案件发生，省警察厅为节省开支，派遣专员前来撤销小镇警局。主人公马郁田是小镇警局的一名实习警员，听说警局即将关闭，而自己为人民服务除暴安良的伟大抱负还没实现心有不甘，于是协同其他警员挑动小镇居民，假装制造各种案件，证明警局存在的必要性，以此保住警局，可是在这过程中，被马郁田发现了小镇隐藏的惊天秘密，一桩陈年旧案的真相，最终马郁田匡扶正义，和心爱的女孩一起怀抱着对未来的希望前往革命圣地延安。

一起神秘的密室谋杀案，千金小姐林樱和一同度假的同学们被卷入案件风暴中心。人人似乎都有嫌疑，而几人的证词却又相互支撑、没有破绽。案件扑朔迷离，凶手下落不明，直到犯罪心理专家程云揭开数年前一起旧案的真相，没有杀人动机的杀人案浮出水面。

照井龙与亚树子开始了婚后的甜蜜生活，但最近发生了连续杀人案件，紧急受命的龙参与到了案件的调查中。此时，刃野警官却遭到枪击伤重倒下了，而龙则莫名被当成了嫌疑人！深陷危机的龙不得不与掌握着案情关键线索的女惯偷——葛木葵一起躲避追捕，加速记忆体被夺走的龙也无法变身成假面骑士！不仅如此，因为亚树子得知了龙与别的女人一起逃亡而愤怒不已，龙还面临着离婚危机？！敌人不断袭来，龙能否冲破困境化险为夷呢？