在香港市中心，世界上最高、结构最复杂的摩天大楼遭到破坏，危机一触即发。威尔·索耶（道恩·强森 饰）的妻子萨拉（内芙·坎贝尔 饰）和孩子们在98层被劫为人质，直接暴露在火线上。威尔，这位战争英雄、前联邦调查局救援队员，作为大楼的安保顾问，却被诬陷纵火和谋杀。他必须奋力营救家人，为自己洗脱罪名，关乎生死存亡的高空任务就此展开。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难。四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝，自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系。这场生化丧尸危机该如何解除

影片主要讲述了安保人员李健被某国际贩毒组织以为是扫毒人员而准备将其杀害，安保组织得知消息后派沈清成立安保青峰小组，解救李健，经过周密计划，沈清打入毒贩内部，与当地警方里应外合，最终剿灭毒贩集团，成功解救李健。

境外东南亚某海域，著名安保集团旗下的赤霄安保小组接受任务，前往境外被野狼非法控制的玛泽岛解救被非法囚禁的史文森，与此同时，野狼的同伙、狡猾的毒枭梁一川整容后换上了史文森的面孔，一是为死去的弟弟复仇，更重要的是，他冒用他人身份更具欺骗性和隐蔽性。这是一次艰苦卓绝的战斗，安全官们冲破重重阻力，冒着生命危险解救史文森的同时，也解救了野狼以游戏名义囚禁的所有选手。