该片讲述了北魏时期柔然军入侵边境，国家召集军户出征，花木兰为替年迈的父亲尽军户职责，便女扮男装入伍来到边关要塞常平仓。在军中花木兰结实了几位好友，原本只为替父尽责的花木兰不愿伤人性命，不料受命前去解救皇子时好友袁洪被抓，袁洪死在花木兰面前，花木兰明白了乱世之中置身事外便无法保护所爱之人。从此花木兰在战场上奋勇杀敌、屡建战功，敌军节节败退。花木兰替好友报仇后带兵凯旋而归，正在众人欢庆之时，敌军趁机对城内投入数量足有百万的老鼠，军士受到重创。小人萧清泉前去打探敌情时又将敌军“死士”带入城中，军队百姓伤亡惨重。

明末清初，乱世纷争。天启帝的太子朱慈燃从襁褓中便流落民间。天启7年，天启帝暴毙。同年，其弟信王朱由检继位，改年号崇祯，自崇祯元年起明王朝烽烟四起，闯王李自成，后金努尔哈赤纷纷起兵与明王朝分庭抗礼，崇祯帝一败涂地。流离失所的皇长子朱慈燃成为各政派系争夺的对象.为保太子平安，明朝忠臣冷延泉在民间寻回太子，并将其安排在灵岩寺假意出家为僧，不曾想风声走漏，已归顺清王朝的杭州织造局掌印大太监刘明喜带着大批锦衣卫杀上了灵岩寺，此后汉阳城左家军，大顺李自成亦是蠢蠢欲动。