晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为，双方积怨日深。十一少后得悉黄与反清志士来往，密报提督将其收监并施以凌辱……　

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚后，本以为可卸下宝芝林传人及一代宗师的虚名，怎料经过此役，佛山居民视他有若神明，更有各地民众蜂拥而来，欲一睹鸿之风采，令鸿不胜其烦。某日，广州有人来邀请黄飞鸿及徒弟等人前赴广州为粤北山区灾民筹款，实则终饱私囊。鸿最初拒绝，及后与猪肉荣相识由荣假冒鸿应付一切应酬，而自己却四处游玩偷闲。途中，鸿遇上灾民成对东，言谈间明白东到广州的目的除为乡间筹钱外。

黄飞鸿的侠义事迹曾多次被搬上银幕，本片由资深导演王风执导，饰黄飞鸿、石坚饰申九蚣，配搭新鲜。故事讲述，黄飞鸿（史仲田）是清末民初名震岭南的着名拳师，平素以行侠仗义、排解纠纷为己任；除了设馆授徒之外，并医治跌打济世，在武林中极有声望。某天正值黄飞鸿宝芝林药局新张吉庆，德记?栏主人周立德（井淼）前来道贺，并希望黄飞鸿能够帮助他在来年观音诞时抢得丁财炮……

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一...

武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞·特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。