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三名科学家在非洲大陆发现了一种神秘的矿石，这种矿石具有极强的杀伤力。就在这三名科学家携带矿石返回的途中，美国中央情报局派出了由11名来自不同国家的特种兵组成的特别行动小队将科学家和他们成果劫持了。情报局内部出现了内鬼，想把这一成果据为己有。于是，他命令负责接应的飞行员制造了一次空难，以此来杀人灭口和掩饰其已夺取了成果。特别行动小队几乎全军覆灭，只有队员杰克（成龙饰）侥幸逃生。

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗 饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会…

影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。