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K和J双人组是FBI所属的一个非正式情报单位的刑警，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动，任何外星人如果图谋不轨，就会被这两位身穿黑色西装的特警歼灭。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J必须在地球被外星人渣毁灭前找到这批恐怖份子。K和J这对黑白搭档就带著巨大无敌枪到处对付奇形怪状的外星人，结果却笑料百出，他们到底能不能完成任务呢？

未来几十年内，人类探索利用太空的程度不断加深。2040年，利用空间扭曲技术深入宇宙的“新领域号”消失于海王星附近。2047年，新领域号突然在海王星发回讯号，内容似乎为求救，于是当年设计新领域号的威尔博士（Sam Neill 饰）受命乘坐营救船“路易与克拉克”号前去施救。船长米勒（Laurence Fishburnes 饰）不甚友好，所幸路易与克拉克号很快按计划与新领域号对接。虽然生命扫描显示新领域号充满生命迹象，但搜寻之后营救队发现所有船员均死亡或消失，新领域号内制造黑洞的核心动力部分产生的震荡破坏了路易

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击。