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距欧拉贡消失已经过去了三个月，大家都回到了平常的生活中。某日，莲接到了玄马的电话，说在神之原东部出现了怪物反应，现在正在往中心部接近。玄马发现这只怪物的能量反应，与消失的欧拉贡十分相似。

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手--小女孩皮诺可（佩佩，贝贝）的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去

公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”（并非“信息化的存在”）。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

诺查丹玛斯预测到了“世界即将终结”的预言，她看到的未来日本一片废墟，意料之外的背叛、败北与绝望、无法逃脱的死亡、不期而然的别离，这一切都让她无法接受。另一方面，斑目向公众揭露了自己的新事业企划，露出了自己的真面目。他利用风水宝地召唤出怪物，甚至还操控住企图阻止他野心的莲和龙马。失去了自己同伴的莲，该如何阻止野心爆棚的斑目呢？