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本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector&am

传说中只要得到分散在地球的12个超星神就能有统治全宇宙的力量。邪恶的“宇宙海盗”抢夺全部的超星神，统治着全宇宙。在强大的邪恶势力面前，为了收复密封舱而英勇作战的叛乱军，也一筹莫展。