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开发了1年内成长人类5年份的人工智能“诺亚方舟”的天才少年弘树自杀2年后，米花市政大楼举行了虚拟体感游戏“茧”的发表会。但是，过程中发生了杀人案。柯南为了寻求案件的线索进入了茧，但是系统被诺亚方舟支配，孩子们被当作了人质！释放条件是通关游戏。柯南在19世纪末的伦敦，挑战了追逐杀人魔的舞台。

目暮警部、小兰的母亲律师妃英理、阿笠博士被人盯上了性命。因为与毛利小五郎关系亲密的人都被当做目标，所以犯人被判断为是对毛利小五郎怀有恨意的人。另一边，柯南注意到现场的遗物和扑克牌有关，发现了被袭击的3人名字中的共同点。拥有“八”字的毛利小五郎的旧友，为了保护侍酒师泽木公平，柯南等人前往海洋娱乐设施“AQUA水晶”，遇到了名字里有数字的4个人物……

开发了1年内成长人类5年份的人工智能“诺亚方舟”的天才少年弘树自杀2年后，米花市政大楼举行了虚拟体感游戏“茧”的发表会。但是，过程中发生了杀人案。柯南为了寻求案件的线索进入了茧，但是系统被诺亚方舟支配，孩子们被当作了人质！释放条件是通关游戏。柯南在19世纪末的伦敦，挑战了追逐杀人魔的舞台。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼

毛利侦探事务所接到了爆炸预告电话。毛利小五郎怀疑这是恶作剧，但紧接着停在事务所前路上的车爆炸了。犯人在留下了神秘暗号并威胁说：“如果找不到炸弹的话，将会有更多的人牺牲。”那个时候，在东都体育场观看J联赛比赛的柯南，因为小兰打来的电话开始针对听到的爆炸预告进行暗号解读。在时间逼近的时候，柯南能平安找到炸弹吗？

在铃木园子的邀请下，柯南、小兰和少年侦探团一行参加了在太平洋航行的豪华客船阿佛洛狄忒号的处女航。很多名人和政界人士也来乘坐这艘优雅的海上游轮，但正在捉迷藏的时候铃木园子被人绑架、监禁了。凭借柯南的机智九死一生，这次在船上又发生了杀人事件。柯南注意到15年前发生的货船第一八代丸的沉没事故和半个月前发生的交通事故之间的关联……

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。　第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳