此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
故事发生在风景如画宁静祥和的镰仓，橘一夏（本多阳子 配音）是出生和生活在这里的平凡中学二年级女孩。性格温文尔雅跟所有人都能成为朋友的篁萤子（落合祐里香 配音）、性格活泼开朗元气满满运动神经十分发达的多岐川皋月（川上伦子 配音）和身世非常神秘常常展现出超越了年龄的成熟与知性的宗方未知留（田村由香里 配音），这三名性格迥异的女孩是橘一夏的好友，四人之间感情十分要好。 在学期的最后一天，一夏离开学校之后发现自己十分珍爱的护身符丢在了教室，于是返回了学校，在那里，一夏邂逅了名为黑城舞夏（浅野真澄 配音）的少女。命运的齿轮开始了转动。
宇宙历788年，二十一岁的杨威利越级升为少校。受到卡介伦的委托，杨开始调查第二次提亚马特会战中使银河帝国完全败北的同盟军总指挥官“七三零年党”领袖布鲁斯·阿修比上将的死因，是否如投书所指有谋杀的嫌疑。 描绘了七三零年党的事迹，以及杨同后来的部下派特里契夫、姆莱等人结识的经过。还叙述了杨的童年。
自从花之魔法使玛丽贝鲁（本多知惠子 配音）带着她的精灵丹伯林（坂本千夏 配音）来了之后，百合（こおろぎ さとみ 配音）和小健（折笠爱 配音）姐弟两个变得活泼多了。玛丽贝鲁是个神奇有魔力的花仙少女，她的朋友唐唐（菲尼克斯火鸟）的生日快到了，她用魔法带领白合与小健来到了妖精和花魔法使的国度花魔法界，给唐唐过生日，这里的世界像仙境一般滨彩斑斓像花的海洋一样漂亮。唐唐已是五百岁的老爷爷了，菲尼克斯每五百年重生一回，自从地球诞生后，守候着地球上所有生物使它们变得有灵性的就是菲尼克斯。唐唐需要人类持有的菲尼克斯钥匙，才能重生，但它接收了吉特的副钥匙变成了恶魔之鸟，这样地球在五百年之内就会变成黑暗的世界了。玛丽贝鲁用魔法香水带领着百合和小健他们飞了起来，去寻找正钥匙去了......
大雄（小原乃梨子 配音）与哆啦A梦玩耍时意外发现，房间的塌塌米下方与旷野星上一艘太空船相连，太空船的主人叫罗布鲁（菅谷政子 配音）。大雄与哆啦A梦（大山信代 配音）阴差阳错地进到了这个星球，在旷野星上，引力比地球小，大雄成了大力士飞毛腿，成了旷野星的超人了。同时也结识了一批旷野星上的朋友，罗布鲁的妹妹克蕾姆（小山茉美 配音），还有跟哆啦A梦一样爱吃铜锣烧的江姆（杉山佳寿子 配音），全身覆毛的雌性动物，是罗布鲁的宠物。而罗布鲁的家人和邻居遭到了卡尔泰矿业公司驱赶，这个公司专门将星球上的人们赶走后，不顾星球的存亡，疯狂得开采星球上的资源，导致有许多星球已经不适合人居住了。为了不让罗布鲁的星球遭到破坏，大雄决定留在星球上与坏蛋斗争到底……
由新海诚原作的短片原创动画《她和她的猫》，宣布改编成TV动画，剧中的“她”将由花泽香菜担任声优，而黑猫的声优将由浅沼晋太郎担任，矢作纱友里将为“她”的友人配音。本作的导演由坂本一也担任，剧本为永川成基，人设·总作画监督将由参与制作过《黑色子弹》的海岛千本担任，制作则交给了liDENFILMS京都工作室。
" 魔界树篇 自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人…… 黑月帝国篇 神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"
随原作漫画第59卷DVD限定版同捆发售。
