新たな力を手にした娘達の逆襲—— 。 夜叉姫やしゃひめの使命が、今明かされる！！ 殺生丸せっしょうまるの娘で、現代育ちの日暮ひぐらしとわは、戦国時代に戻り、双子の妹・せつなの失われた記憶を取り戻すため夢ゆめの胡蝶こちょうを探していた。その夢ゆめの胡蝶こちょうに関わると思われる獣王・麒麟丸きりんまるの姉・是露ぜろは、弟を倒すと予言された半妖はんようを敵視し、とわたちを倒そうと画策する……
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
讲述灰原哀的过往。
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表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
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对音乐一窍不通的孔却却是以唱作全能见称的偶像歌手，原因是背后为之代唱的胡历。胡历有着极高的音乐天赋，但由于脸上的伤疤导致无法站在台前。为了赚钱治疗住院的母亲，情愿放弃自己的音乐梦想，签下巨额的契约站在幕后做孔却的代唱。正当一切事情风平浪静的时候，却被一个神秘人揭露了代唱的秘密。巨额的违约金和社会的众多舆论，将胡历逼上绝路。这时孔却的对手纪鹤天的出现改变了胡历悲惨的命运。在自己的努力和朋友的帮助下，最终胡历勇敢地站上了舞台，重拾回自己的梦想。然而这美好的一幕背后却隐藏更大的阴谋……
故事发生在桃园高中之内，加贺良介（下野紘 配音）是学校里出了名的好色之徒，对美少女的一切都十分热衷。某日，良介偶遇了名为丽萨菈（远藤绫 配音）的神秘女子，其真实身份竟是出身名门的死神，在阴差阳错之下，良介和丽萨菈签订了契约，他所要付出的代价竟然是他的色欲之魂。大仓美菜（石原夏织 配音）是良介青梅竹马的玩伴，美菜内心里一直喜欢着善良的良介，然而却选择将这份感情深深的埋藏在心底。丽萨菈的妹妹裘儿（西口杏里沙 配音）亦身处人间界，一心想要打败姐姐取而代之的她却最终成为了失败者因此丧失了魔力，于是，裘儿和美菜签订了契约，就此，一段复杂的四人关系拉开了序幕。
来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子（Tarako 配音）的家乡清水市。来自意大利的安德烈（中川大志 Taishi Nakagawa 配音）暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课，还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始，小丸子因安德烈太过热情而感到困扰，但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会，并许下了“希望能再次见面”的愿望。然而，这些快乐的日子即将过去，他们将要迎来离别之时。
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母…… 本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
