《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。
而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。
可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
一款名为“魔方游戏”的网络软件被网络病毒入侵，引诱游戏玩家在“游戏世界”和 现实世界中游戏人间而引发的五桩刑事案件为主线，以四个有着内在联系又各自独立的案件为引子，魔方游戏作为线索贯穿始终，最终侦破谜团，将罪犯绳之以法。 男主陈飞和同事们在凶手布置下的犯罪迷宫中，一步步抽丝剥茧， 还原真相，并最终将真凶绳之以法。
现代美妆博主宋知韵一脚踩空成了宋代花魁柳如烟（胡亦瑶 饰），却意外卷入一场惊天阴谋之中，为探查事情真相潜伏浣月楼，携手腹黑小公爷顾承烨（秦天宇 饰）一路开挂，揭露惊天秘密。
明朝末年，宦官专权，朝局险恶。一场血洗，礼部侍郎谢希光家破人亡，唯幼子定哥不知所踪，女子白诗儿与侠客杨晨为寻人来到扬州住进风满楼客栈，却不知自己已入死局。客栈命案接连不断，身边人敌友难辨：冷面秀才刘俊，酷似她逝去的故人，而他为了夺得坐馆先生之位，不惜将竞争者一一清除；东厂叛徒顾永熙，带来无间门的惊人秘密，却同样心怀叵测。本是寻人途中的客栈，却成了走不出的修罗场。局中局，案中案，昔日恩人或是刽子手，所谓盟友亦可能是猎人。当真相逼近，她才惊觉，自己才是这场猎头游戏的终极猎物。
